Los bosques de colina y relieve abrupto, son poco intervenidos por el hombre y de gran importancia para la conservación del recurso del agua y especies fáustica y florísticas, sirven de protección a muchas especies de flora y fauna.
Las principales especies arbóreas que se encuentran en el municipio son: el truntango, lechero, mora, cedro, higuerón, guacimo, caracoli, aceite, caucho, palo amarillo, jigua, jigua negra, carrá, caimito, chachajo, guayacán, abarco, dinde, chanu, guamo, pichinde, peine, mono, tachuelo, guadua, cabecinegro, naranjuelo, palo perico, palo santo, etc.
Ríos: El municipio es bañado por la cuenca del río Baudó que tiene una superficie aproximada de 5400 Km2 y produce una escorrentía de 706 M3/g que son vertidos al océano pacifico, esta cuenca cuenta con importantes ríos y quebradas siendo las más importantes el rió Nauca, apartado, Dubasa, Berreberre entre otros.
Flora: La deforestación masiva es el factor que mas incide en el agotamiento de las poblaciones y determina la posible extinción de muchas especies. en la región biogeográfica del Chocó el 90% de la deforestación ha puesto en peligro hasta el 12% de la flora regional; a continuación registran algunas especies vegetales encontradas en el municipio del Alto Baudó.
Fauna: La fauna del pacifico Colombiano o Chocó geográfico esta representada principalmente por los mamíferos, herpetos, aves y una gama de variedad de mariposas.
En Colombia, aproximadamente 150 especies han sido encontradas únicamente en esta zona. Existen 10 especies endémicas del pacifico Colombiano; es decir no se encuentran en ninguna otra parte del país o del mundo.
En el Alto Baudó se ha definido la zona de la Serranía del Baudó (Alto del Buey) como área especifica de interés para la conservación de la biodiversidad, los criterios para determinar prioridades de conservación fueron:
Ecosistemas en buen estado de conservación
Ecosistemas muy diversos y/o ricos en masa
Zona de alto valor hídrico
Refugio de fauna.
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